در اين باره بين منابع و كتب انساب اختلاف وجود دارد. در منابع تا پنج پسر نيز به ايشان نسبت داده شده است، اما آنچه همه منابع درباره اش اتفاق نظر دارند، اين است كه فرزندان ذكور ايشان دو نفر بوده اند: امام علي الهادي و موسي مبرقع. به اين دو فرزند ايشان در همه منابع اشاره شده است.[1]
با اين حال در منابع قديمي تنها "ابن عنبه" در كتاب "عمدة الطالب" چهار پسر براي ايشان بيان كرده است: امام هادي، موسي مبرقع، حسن و محمد.[2]
در برخي كتاب هاي انساب كه در دوره اخير نوشته شده است، مي توان به نام پنج فرزند پسر براي امام جواد رسيد: امام هادي، موسي مبرقع، محمد، علي و يحيي.[3]
به نظر مي رسد علت همه اين اختلافات تفاوت گزارشاتي است كه در منابع اوليه وجود داشته است و يا شايد علت آن اين باشد كه از برخي از اين افراد نسلي باقي نمانده و از برخي از آنها نسلي وجود دارد.
آنچه مسلم است، اين است كه از امام هادي و موسي مبرقع نسلي به جا مانده است. نسل موسي مبرقع كه خودش در قم مدفون است، اكنون در قم و شهرري حضور دارند.[4] هر چند امروزه خانداني در عراق خود را به يحيي فرزند امام جواد (ع) منتسب مي دانند[5]، اما اين در منابع تاريخي نيامده است.

[1] . براي مثال شيخ مفيد در كتاب ارشاد و ابن عنبه در عمدة الطالب و ابن صباغ در الفصول المهمة و تستري در تواريخ النبي و الآل و لواساني در كتاب الدروس البهية به اين دو فرزند ايشان اشاره كرده اند. به جز ابن عنبه در كتاب عمدة الطالب بقيه منابع بر آن اند كه ايشان تنها همين دو فرزند پسر را داشته اند. ر. ك. به: انساب العترة الطاهرة، لبيب بيضون، ص 107، مؤسسة الاعلمي للمطبوعات، بيروت.
[2] . همان.
[3] . رجايي، سيد مهدي، المعقبون من آل ابي طالب، ج 2، ص 30، مؤسسه عاشورا، قم.
[4] . همان؛ همچنين ر . ك. به: منتهي الامال، شيخ عباس قمي، ج 2، ص 618، انتشارات هجرت، چاپ دوم.
[5] . سلطان، فتحي عبدالقادر، تاريخ و بيوتات آل البيت في بلاد الرافدين، ص 382، دار المحجة البيضاء، بيروت، 1423هـ.