امام جواد (عليه السلام) در برابر فرقه هايي كه در عصر آن حضرت وجود داشتند شيعيان خود را از اين نظر كه اين فرقه ها چه مواضعي در مقابل آنان به خود گرفته اند راهنمايي مي فرمود. يكي از اين فرقه ها فرقه مجسمه بودند كه خدا را جسم مي پنداشتند. و امام در رابطه با آنان به شيعيان خود فرمودند: اجازه ندارند پشت هر كسي كه خدا را جسم مي داند نماز گذاشته و به او زكات بپردازند. [1] .

واقفيه يكي ديگر از فرقه هاي موجود در زمان امام جواد (عليه السلام) بودند كه به صورت مشكلي در مقابل شيعيان عرض اندام مي كردند و آنان كساني بودند كه پس از شهادت امام كاظم (عليه السلام) بر آن حضرت توقف كرده و امامت فرزندش علي بن موسي (عليه السلام) را نپذيرفتند، وقتي از امام در مورد خواندن نماز پشت سر واقفي مذهب سؤال شد، آن حضرت در جواب، شيعيان خود را از اين كار نهي فرمودند. [2] .

زيديه نيز فرقه اي بود منشعب از شيعه كه پيش از اين در بخش زندگي امام صادق (عليه السلام) مطالبي درباره آنها و مواضع ائمه صادقين (عليه السلام) در برابر آنان ارائه داديم و در مواقع خاصي دشمني زيديه با اماميه و طعن آنها بر ائمه هدي عليهم السلام باعث موضع گيري تند ائمه در مقابل آنان مي شد. چنانكه در روايتي از امام جواد (عليه السلام) واقفيه و زيديه نظر بر اينكه از مصاديق آيه: وجوهٌ يومئذٍ خاشعةً عاملةً ناصبة (سوره غاشيه (88): آيه 2 و 3) هستند در رديف ناصبي ها قرار گرفته اند. [3] .

غلات نيز به سبب آنكه در بد نام كردن شيعه سهم بسزايي داشتند مورد تنفر امامان بودند. خطر اينها براي شيعيان در مواقع مختلف بسيار جدي بود؛ زيرا آنها به نام ائمه ي شيعه رواياتي از پيش خود ساخته و بدينوسيله شيعيان را كه پيرو ائمه (عليه السلام) بودند به انحراف مي كشاندند. امام جواد (عليه السلام) در مورد ابوالخطاب كه از سران غلات بود فرمودند: لعنت خدا بر ابوالخطاب و اصحاب او و كساني كه در مورد لعن بر او توقف كرده و يا ترديد مي كنند. [4] آنگاه امام به ابوالغمر، جعفر بن واقد و هاشم بن ابي هاشم اشاره كرده و پس از تذكر در مورد بهره گيري آنها از ائمه به منظور بهره كشي از مردم، آنان را در رديف ابوالخطاب دانستند، حتي در روايتي به اسحاق انباري فرمودند: دو تن از غلات به نامهاي ابو سمهري و ابن ابي الزرقاء - كه خود را سخنگويان ائمه (عليه السلام) قلمداد مي كردند - به هر طريقي بايد كشته شوند و اسحاق در صدد اجراي دستور امام بود، ولي آن دو از دستور امام مطلع شده و خود را از ديد اسحاق مخفي كردند. و دليل اين تصميم امام، نقش بسيار حساس آنان در منحرف ساختن شيعيان ذكر شده است. [5] .