امام جواد (ع) در دوران خلافت مأمون از آزادي بيشتري برخوردار بود و در سراسر حيطه حكمراني خليفه، سازمان امامت، وكلاي خود را اعزام مي كرد و به فعاليّتهاي خود همچنان گسترش مي داد بدين جهت وكلاي امام (ع) در بسياري از شهرها مانند: اهواز، همدان، سيستان و بست، ري، بصره، واسط، بغداد و مراكز سنتي اماميه كوفه و قم و خراسان پخش شده بودند، امام به هواداران خود اجازه مي داد در دستگاه حكومت عباسي كار كنند، بدين جهت محمد بن اسماعيل بن بزيع و احمد بن حمزه قمي پستهاي مهمي در وزارت اشغال كردند.

نوح بن دراج قاضي بغداد و پس از آن قاضي كوفه بود. چون بستگان او از كارگزاران امام جواد (ع) بودند لذا وي عقيده خود را در طول اشغال اين سمت پنهان داشت.

بعضي ديگر از اماميه مانند: حسين بن عبدالله نيشابوري حاكم بست و سيستان شد و حكم بن عليا اسدي به حكومت بحرين رسيد، هر دو نفر به امام جواد (ع) خمس مي دادند كه حاكي از بيعت پنهاني آنها با امام نهم است.

و همچنين پيروان امام در خراسان به خود اجازه دادند تا در ارتش عباسيان وارد شوند و در مقهور ساختن طغيان خرّميّه شركت جويند بنا به گفته مرحوم شيخ طوسي اينان در سال 220 هـ مقدار زيادي غنيمت جنگي را از قيام كنندگان گرفتند، امام جواد (ع) به آنها دستور داد تا خمس آن را مستقيماً به آن حضرت و يا وكلايش بپردازند.

آري در دوران خلافت مأمون فعاليت شيعيان و وكلاي امام (ع) به منظور هدايت مذهبي و امور مالي بود و لذا تهديدي به حكومت مأمون به حساب نمي آمد ولي بعضاً به بهانه اي در مقابل مأمون مي ايستادند.

في المثل در سال 210 مردم قم كه اكثراً شيعه بودند از خليفه درخواست كردند تا خراج زمين را براي آنها كاهش دهد، همانگونه كه به مردم ري تخفيف داده بود ولي مأمون تقاضاي آنها را نپذيرفت. بنابراين آنها مأمون را از خلافت خلع كردند و از پرداخت خراج امتناع ورزيدند و كنترل امور شهر را به عهده گرفتند در نتيجه مأمون ارتش خود را از بغداد به خراسان گسيل داشت تا قيام مردم قم را فرونشاند. علي بن هشام و عجيف بن عنبسه فرماندهي ارتش عباسي را به عهده گرفتند ديوار شهر را ويران و بسياري از مردم را به قتل رسانيدند.

در ميان مقتولين يحيي بن عمران كه بنا به گفته ابن شهر آشوب وكيل امام جواد (ع) وجود داشت به علاوه مأمون هفت ميليون درهم خراج را از اهالي قم به جاي مقدار معمول آن كه قبل از قيام دو ميليون درهم بود، اخاذي كرد.

روايات طبري و ابن اثير حاكي از آن است كه برخي از سران اين قيام به مصر تبعيد شده اند كه در ميان ايشان جعفر بن داود قمي قرار داشت بنا به گفته طبري، جعفر بن داود از مصر فرار كرد و در سال 214 در قم قيام كرد ولي قيام او شكست خورد و خود وي دستگير گرديد و دوبار به مصر تبعيد شد.

منابع تاريخي علت قيام مردم قم را تنها عدم موافقت مأمون به كاهش ماليات دانسته اند و در ارتباط اين قيام با سازمان امامت سكوت اختيار كرده اند. اما به نظر بعيد مي آيد اين قيام مردم شيعه قم و در رأس آنها وكيل امام جواد(ع) به خاطر كاهش ماليات باشد و هيچ ربطي با سازمان امامت نداشته باشد، آيا مي توان ادعا كرد مردم شيعه قم به حيله و نيرنگهاي مأمون، آن مار خوش خطّ و خال درباره ي امام رضا(ع) پي برده اند و اين قيام و خلع مأمون از خلافت عكس العمل آن بود؟! ظاهراً خود مأمون اين فعاليتها را بي ارتباط به عقايد مذهبي مردم قم نمي دانست بدين جهت كوشيد تا آنان را از طريق امام جواد (ع) پايان دهد. بنا به گفته ي مورخان، مأمون در اثناي حركت براي هجوم به روم امام جواد (ع) را فرا خواند و در ماه صفر سال 215 در تكريت به او خوشامد گفت و در آنجا دختر خود امّ الفضل را با او تزويج كرد. مأمون از آن حضرت خواست تا در بغداد عروسي كند و آنگاه با همسرش به مدينه باز گردد.

ولي ناگفته نماند كه اين ازدواج نه حمايت اماميه را نسبت به مأمون جلب كرد ونه قيامهاي مردم قم را متوقف ساخت. جعفر بن داود مجدداً از مصر گريخت و در سال 216 بار ديگر در قم قيام كرد و در آنجا لشگر مأمون را شكست داد.

وي به مقاومت خود تا اواخر سال 217 ادامه داد و در همين زمان لشگر مأمون به قيام مردم قم خاتمه داده و جعفر بن داود را گردن زدند.

ولي فعاليتهاي مخفيانه علويان و شيعيان در سطح گسترده اي همچنان ادامه داشت.

پس از مأمون برادرش معتصم در سال 218 به خلافت رسيد امام جواد (ع) و محمد بن قاسم طلقان را به بغداد فرا خواند تا نقش آنها را در رهبري فعاليتهاي زير زميني شيعيان مورد تحقيق و بررسي قرار دهد. محمد بن قاسم همين كه از تصميم معتصم آگاه شد از كوفه به خراسان گريخت امام جواد (ع) با همسرش تحت الحفظ به بغداد اعزام گرديد. در همانجا تحت نظر قرار گرفت سرانجام امام نهم چند ماه بعد به تحريك معتصم مسموم شد و به درود حيات گفت.